制度包括组织和规则。在创新中组织非常重要，在钱德勒看来，组织创新是技术进步的组成部分。新技术仅仅提供了生产率的潜力，实现新技术的潜在经济效益则是一个组织性问题，技术创新所带来的可能的经济效益只有通过组织创新才能被实现。由此来看，经济组织的效率可能和技术变迁同等重要。

　　自主创新的经济组织主要有两种形式：自上而下的创新和自下而上的创新，两种组织形式的一个重要差别在于投资的来源以及创新的动力来自何处。罗森伯格和伯泽尔指出，要使技术变革有效而持久，当局必须放弃它们对革新进程的直接支配权，并使之分散。这实际是为技术进步的发生创造了一个重要条件：成功的创新者要有富足的机会和决策权。根据经济发达国家的经验，技术进步很少是自上而下的，通常也不需要得到权威部门的许可。但我国的技术进步经常是由政府发起的。

　　自上而下往往是少数人的选择或决策决定了多数人的选择，在这种组织形式下，下边的人为了迎合上边人的偏好或需要，往往放弃了自己的选择。而且这种组织形式会导致重复研究或建设，同构化严重。自下而上的创新是草根式创新，有利于发挥每个人、每个经济主体的创造性，所产生的创新能量远大于自上而下的创新。

　　自上而下的研发组织形式会带来几个问题，一是不利于企业为主体、市场为导向的创新体系的建立；二是研发与产业成为两张皮，不利于发明转化为创新的形成；三是这种组织形式不利于解决科技中的诚信与产出率问题，因为过长的委托代理关系不利于建立有效的科研资源配置的激励与约束机制；四是政府导向而非市场导向，难以将创造发明转化为创新、产业和实业。